Thái tử phi

Năm 1209, đời Lý Cao Tông, khi xảy ra loạn Quách Bốc, Lý Huệ Tông khi ấy còn là Hoàng thái tử đã chạy về miền Hải Ấp quê bà, nương nhờ cha bà là Trần Lý. Huệ Tông nhìn thấy Trần thị có nhan sắc nên rất thích, biết ý nên cha bà tạo cơ hội để bà gần gũi với Thái tử hơn.

Trần Lý và cậu ruột bà là Tô Trung Từ muốn nhân cơ hội giúp nhà Lý để phát triển thế lực nên gả bà cho Thái tử và tập hợp lực lượng tham gia dẹp Quách Bốc. Trong lần chiến dẹp loạn này, cha bà là Trần Lý bị thiệt mạng, quân đội họ Trần đều nằm trong tay Tô Trung Từ.

Sắc phong Nguyên phi

Tháng 3 âm lịch năm 1210, mùa xuân, Cao Tông hoàng đế được rước về kinh thành Thăng Long, không lâu sau thì bệnh nặng, muốn đón Hoàng thái tử về kinh. Cậu của Trần thị là Tô Trung Từ bèn giả mang quân bản bộ đi đánh quân phiến loạn ở Khoái Châu, nhân đó Trung Từ về Hải Ấp nắm lấy Thái tử, gạt bỏ khỏi tay hai anh em Trần Tự Khánh và Trần Thừa khiến họ Tô và họ Trần có hiềm khích từ đó. Vì Thái tử bị cướp đi đột ngột, Trần phi cũng theo đó bị bỏ lại ở Hải Ấp.

Tháng 10 âm lịch năm 1210, mùa đông, Lý Cao Tông qua đời lúc 38 tuổi. Thái tử lên ngôi, tức Lý Huệ Tông, lúc ấy mới 16 tuổi. hoàng hậu An Toàn họ Đàm được tôn làm Hoàng thái hậu, cùng Hoàng đế nghe việc chính sự. Lý Huệ Tông vừa lên ngôi thì sai người đi đón Trần phi về kinh sư, nhưng anh trai bà là Trần Tự Khánh lại không cho, vì hiềm khích với Tô Trung Từ vẫn còn đó.

Khi ấy, Tô Trung Từ trong triều nắm binh quyền thế lực, giết chết Thái úy phụ chính Đỗ Kính Tu. Các tướng Đỗ Quảng, Đỗ Thế Qui và Phí Lệ cùng nhau mưu lập đánh Trung Từ. Trung Từ biết thế quân của mình nhỏ hơn liên quân của họ, bèn lập mưu kế lừa gạt, vờ hòa hoãn với họ mà đang đêm tăng cường binh sĩ mưu trừ. Rồi ông cho tùy tướng Đào Phán bất ngờ ùa binh đánh lên diệt bọn Đỗ Quảng, Phí Lệ. Bọn họ xung phong tiến đánh quân của Đào Phán và chạy thoát được, Phán bèn đánh úp Đỗ Thế Qui, bắt được Qui và Qui bị tùng xẻo ở giữa chợ trời.

Huệ Tông hoàng đế và Thái hậu nghe tin, phong Trung Từ làm Thái úy phụ chính, ban tước Vương. Bên cạnh đó, Huệ Tông lại sai người đi đón Trần phi. Lần này thì Trần Tự Khánh đồng ý để bà về triều, sai hai tỳ tướng Phan Lân, Nguyễn Ngạnh cầm quân hộ tống. Khi quân hộ tống bà tới Thăng Long, đúng lúc Tô Trung Từ đang đánh nhau to với Đỗ Quảng. Trung Từ hợp binh với hai tướng Phan, Nguyễn phá tan quân của Quảng và bắt giết Quảng.

Năm 1211, tháng 2 âm lịch, Bà vào triều được phong làm Nguyên phi. Vua ban cho anh trai bà là Trần Tự Khánh làm Chương Thành hầu, cậu bà là Tô Trung Từ nắm đại binh triều đình.

Phế lập ngôi vị

Giáng phong Ngự nữ

Năm 1211, tháng 6 âm lịch, Thái úy Tô Trung Từ bị giết hại tại Gia Lâm, kinh sư thế lực của họ Tô rối loạn. Huệ Tông hoàng đế nhân lúc ấy dùng cậu là Đàm Dĩ Mông làm Thái úy phụ chính, Hoàng thái hậu cũng vì thế trực tiếp xen vào việc chính sự.

Hai lực lượng lớn nhất tranh quyền lúc đó là họ Trần bởi Trần Tự Khánh và họ Đoàn bởi Đoàn Thượng. Lý Huệ Tông lo ngại ngoại thích nhà vợ họ Trần thế lực lớn, nên cùng ngoại thích nhà mẹ là cậu Đàm Dĩ Mông muốn dựa vào họ Đoàn. Khi ấy Trần Tự Khánh đánh to với Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi ở ải Quảng Điểm, bị thua trận. Sau khi chiến thắng, họ Đoàn thu nạp dân Khoái Châu, sai sứ giả vào chầu triều đình.

Tháng 7 âm lịch, mùa thu, nghe họ Đoàn gièm pha Trần Tự Khánh muốn phế lập, Lý Huệ Tông tức giận hạ chiếu cho các đạo binh đánh Trần Tự Khánh, và giáng Trần Nguyên phi xuống làm Ngự nữ, thuộc hàng tiếp cấp thứ 3. Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi đem binh về kinh sư, được phong tước Hầu. Lúc bấy giờ, Trần Tự Khánh dẫn quân đi đánh khắp nơi, thu phục được nhiều đất, vùng từ Lạng Châu đến núi Tam Trĩ hết thảy đều là đất của họ Trần. tháng chạp năm ấy, Tự Khánh kéo quân đến gần kinh sư, vì để gần hơn với Trần Ngự nữ đã bị phế trong cung. Thái hậu nghe tin ấy, ý càng ngờ và tỏ ra ghét Tự Khánh.

Năm 1214, tháng giêng, Đoàn Thượng phối hợp với quân triều đình đụng độ với Trần Tự Khánh. Tuy nhiên, lực lượng họ Trần mạnh hơn, có nhiều tướng giỏi hơn; trong khi đó quân nhà Lý do Lý Huệ Tông và Thái sư Đàm Dĩ Mông không có tài làm tướng chỉ huy nhanh chóng bị thua trận. Cánh quân Đoàn Thượng cử đi do Đoàn Cấm và Vũ Hốt chỉ huy bị bộ tướng của Tự Khánh là Nguyễn Nộn đánh bại. Huệ Tông phải đưa Trần thị và Thái hậu bỏ chạy lên Từ Sơn, rôi Lạng Châu[8] (tức Lạng Sơn)[9], quân họ Đoàn rút khỏi kinh đô trở về Hồng Châu.

Trần Tự Khánh cố thuyết phục Lý Huệ Tông trở về kinh không được, bèn lập một hoàng thân nhà Lý là Lý Nguyên vương lên ngôi.

Lên làm Hoàng hậu

Sau hàng loạt biến cố khác, thế lực của Chương Thành hầu Trần Tự Khánh ngày càng mạnh hơn, buộc Lý Huệ Tông phải di tản từ Lạng Châu và rồi lại về huyện Bình Hợp [10]. Cuối năm, Trần Tự Khánh dẫn binh đánh được Đinh Khả và Bùi Đô ở Đại Hoàng, chiếm luôn vùng đất này. Đến cuối năm 1215, xa giá về lại kinh sư, sửa sang cung điện và ngự ở đó.

Năm 1216, mùa xuân, Lý Huệ Tông lập Trần ngự nữ làm Thuận Trinh phu nhân (順貞夫人). Hoàng thái hậu cho Trần Tự Khánh là kẻ phản trắc, thường chỉ phu nhân mà nói là bè đảng của giặc, bảo Huệ Tông đuổi bỏ đi. Sau đó, Thái hậu lại sai người nói với bà, bảo phải tự sát. Huệ Tông biết bèn ngăn lại. Hoàng Thái hậu bỏ thuốc độc vào món ăn uống của phu nhân. Mỗi bữa ăn Huệ Tông thường chia cho bà một nửa và không lúc nào cho rời bên cạnh.

Tháng 5 âm lịch, trước sức ép muốn giết con dâu của Thái hậu, Lý Huệ Tông cùng với phu nhân lẻn đi đến chỗ quân của Tự Khánh ở bãi Cửu Liên. Từ đấy, Huệ Tông lại dựa vào Trần Tự Khánh. Tự Khánh bèn phế bỏ Lý Nguyên vương, do muốn tiến thân và bảo toàn quyền lực cho dòng họ, Tự Khánh vẫn kính cẩn phò trợ Huệ Tông tiêu diệt các phiên vương bạo loạn như Hiển Tín vương Lý Bát, Bắc Giang vương Nguyễn Nộn, Đoàn Văn Lôi ở Hồng Châu (Hải Dương ngày nay), cùng Hà Cao ở Qui Hóa (vùng Phú Thọ, Lào Cai và Yên Bái ngày nay).

Cũng vào tháng 6 âm lịch năm ấy, tại bãi Cửu Liên, phu nhân sinh ra trưởng công chúa cho Huệ Tông, tên là Oanh (鶯), hiệu là Thuận Thiên công chúa.

Tháng chạp, mùa đông cùng năm đó, Lý Huệ Tông chính thức sắc phong phu nhân làm Hoàng hậu. Anh trai hoàng hậu là Trần Thừa được phong Nội thị Phán thủ, tước Liệt hầu. Chương Thành hầu Trần Tự Khánh được dùng làm Thái úy phụ chính, nắm toàn bộ binh quyền triều đình.

Năm 1218, tháng 9 âm lịch, Hoàng hậu sinh tiếp cho Huệ Tông công chúa thứ 2, hiệu là Chiêu Thánh công chúa.

Hoàng mẫu

Năm 1223, tháng chạp, Thái úy Trần Tự Khánh qua đời ở nhà riêng tại Phù Liệt, được truy phong làm Kiến Quốc vương, anh thứ Trần Thừa tiếp nhận quyền Thái úy phụ chính. Em họ bà là Trần Thủ Độ được phong làm Điện tiền chỉ huy sứ, quản lý quân đội trong ngoài cấm thành.

Năm 1224, mùa xuân, Lý Huệ Tông bệnh đến phát điên, không quản được chính sự. Thái úy Trần Thừa, Điện tiền Trần Thủ Độ cùng Hoàng hậu quản lý hết mọi việc trong Hoàng cung. Bấy giờ, uỷ nhiệm cho một mình chỉ huy sứ Trần Thủ Độ quản lĩnh các quân điện tiền hộ vệ cấm đình.

Mùa đông, tháng 10 âm lịch, Chiêu Thánh công chúa được lập làm Hoàng thái nữ, rồi lên kế vị, sử gọi là Chiêu Hoàng. Huệ Tông truyền ngôi trở thành Thái thượng hoàng, rồi xuất gia ở chùa Chân Giáo trong đại nội hoàng cung.

Với thân phận là mẹ của Hoàng đế, bà có thể được tôn làm Hoàng thái hậu hoặc Thái thượng hoàng hậu (do Huệ Tông vẫn còn là Thái thượng hoàng), nhưng sử sách không hề ghi chép bất kì sắc phong chính thức nào, có lẽ bà chỉ được gọi đơn giản là Hoàng mẫu, ý chỉ mẹ của Hoàng đế. Khi đó, Trần Cảnh - con thứ của Thái úy Trần Thừa, tức là cháu ruột của Thái thượng hoàng hậu và Chỉ huy sứ, được sắp xếp đưa vào hầu hạ Chiêu Hoàng. Vào lúc ấy, Chiêu Hoàng tỏ ra yêu mến Trần Cảnh, khiến Thủ Độ nảy ra ý định đưa Hoàng vị họ Lý về cho họ Trần.

Cuối đời

Năm 1225, tháng 10 âm lịch, Chỉ huy sứ Trần Thủ Độ sắp đặt để Lý Chiêu Hoàng nhường ngôi cho Trần Cảnh, sử gọi Trần Thái Tông. Lý Chiêu Hoàng lại được phong thành Hoàng hậu, tức Chiêu Thánh hoàng hậu.

Huệ Tông hoàng hậu Trần thị bị giáng thành Thiên Cực công chúa (天極公主), do bà là em gái Thái thượng hoàng (Trần Thừa), và là cô ruột của Hoàng đế hiện tại (tức Trần Cảnh). Theo ĐVSKTT, Trần Thái Tông do không nỡ gọi bà là công chúa, do bà từng là Hoàng hậu của triều Lý, nên gọi bà là Quốc mẫu, biệt danh khác của Hoàng hậu. Cho chế nghi trượng, kiệu xe đều đúng nghi thức của Hoàng hậu. Không lâu sau, bà lấy Trần Thủ Độ, khi ấy đang là Thái sư Thượng phụ. Không rõ danh vị Quốc mẫu này là có từ khi bà còn sống hay chỉ là hình thức truy tặng của nhà Trần, như trường hợp công chúa Thiên Thành - vợ của Trần Hưng Đạo - được truy phong Nguyên Từ quốc mẫu.

Năm 1237, xảy ra sự kiện phế Lý hậu. Khi ấy, do Thái Tông hoàng đế cùng Hoàng hậu không có con, Thái sư cùng bàn với Quốc mẫu, ép vua lấy chị dâu là Thuận Thiên công chúa, đã có mang 3 tháng với Hoài vương Trần Liễu. Trần Liễu tức giận nổi loạn ở sông Hồng, Trần Cảnh cũng chán nản bỏ lên núi Yên Tử. Sau do sự cứng rắn của Thái sư và sự can ngăn, khuyên giải của Quốc mẫu, Thái Tông hoàng đế trở về kinh sư, Trần Liễu đầu hàng, bị cải thành An Sinh vương với đất phong nay thuộc hai huyện Đông Triều và Yên Hưng, tỉnh Quảng Ninh ngày nay.

Trong cuộc chiến với quân Mông Cổ xâm lược vào cuối năm 1257, bà đã lập nên công lao rất lớn. Trong lúc Hoàng đế và quân nhà Trần đang đánh nhau với quân Mông Cổ do Ngột Lương Hợp Thai chỉ huy, phải rút khỏi Bình Lệ Nguyên. Thì ở kinh thành Thăng Long, bà đã tổ chức thực hiện mưu kế "vườn không nhà trống" do nhà Trần định sẵn một cách thành công, bảo vệ các vương tôn, quý tộc nhà Trần. Rồi lại cho khám xét thuyền các nhà chứa giấu quân khí đều đưa dùng vào việc quân.

Năm 1259, mùa xuân, tháng giêng, bà qua đời, thụy là Linh Từ Quốc mẫu. Tại tỉnh Thái Bình ngày nay còn nhiều địa điểm, địa danh lưu dấu tích công trạng này của bà. Dân địa phương quê bà thường gọi bà theo tên khi mới sinh là Bà chúa Ngừ.